מזכירת הכנסת אחראית לניהול הפרלמנטרי של הכנסת הכולל הכנה וארגון של דיוני מליאת הכנסת, ייעוץ ליושב-ראש הכנסת ולסגניו בענייני תקנון, נוהג ונוהל ופיקוח על יישום החלטות המליאה. מזכירת הכנסת, או סגנה, נוכחים במליאת הכנסת בעת ישיבותיה.
מזכירת הכנסת מופקדת על ניהול מזכירות הכנסת. מזכירות הכנסת מתאמת את סדר-היום של מליאת הכנסת. התיאום נעשה עם חברי הכנסת, הסיעות, הוועדות, מזכירות הממשלה ומשרדי הממשלה השונים. פעילות מזכירות הכנסת היא בבואה של המתרחש במליאת הכנסת ובוועדות: היא עוסקת בניתוב הפריטים הפרלמנטריים השונים (הצעות אי-אמון, הצעות לסדר-היום, הצעות לדיון מהיר, שעת שאלות, שאילתות והצעות חוק) בין מליאת הכנסת לוועדות הכנסת ולמשרדי הממשלה, בהתאם להחלטות המליאה, ומקיימת מעקב ובקרה אחר התהליכים הפרלמנטריים.

מנכ"ל הכנסת אחראי לתפקוד המינהלי של הכנסת. בין תפקידיו: שמירת הסדר המינהלי במשכן הכנסת, פיקוח על עבודתם של עובדי הכנסת ותפעול המערכת הלוגיסטית והמינהלית של הכנסת.
תחת מנכ"ל הכנסת מכהנת הנהלת הכנסת, המאגדת את כלל הסמכויות, התפקידים והיחידות של הכנסת ומשמשת לו פורום מייעץ. חברי הנהלת הכנסת הם מנכ"ל הכנסת, מזכירת הכנסת, היועץ המשפטי לכנסת, חשב הכנסת, קצין הכנסת, דובר הכנסת ומנהל חטיבת קשרי ציבור והסברה, מנהל חטיבת התפעול, מנהל חטיבת המידע, ראש אגף בכיר משאבי אנוש ופיתוח ארגוני, מנהלת החטיבה לקשרים בינלאומיים וראש אגף בכיר טכנולוגיה ומחשוב.